8.х 1С-Предприятие 8.1 (молокозавод)

Заполнить спецификации продукции, гдке указать, из чего она делается...

[off]А зачем Вы в чужой теме задали этот вопрос? Оформите в виде отдельной темы с вразумительным названием - ответов будет намного больше. [/off]

Не знаком с конфигурацией "Молокозавод".
По аналогии могу предположить, что там есть, наверное, Номенклатурные группы.
Т.е. когда списываете материалы (как я понял, это происходит на вкладке "Материалы" документа "Отчет производства за смену"), посмотрите номенклатурную группу, на которую, относите эти затраты.
И при выпуске готовой продукции посмотрите номенкл. группу этой выпускаемой продукции.

Т.е., допустим, заводите ном. группы "Молочная продукция" и "Полуфабрикаты".
При списании возвратных отходов (обрата) на производство указываете ном. группу "Молочная продукция". Таким образом, эти затраты пойдут только на молоч. продукцию (т.е. на ту продукцию, при выпуске которой указана номенклатурная группа "Молочная продукция"). На полуфабрикаты эти затраты не пойдут....

Еще как вариант, у самого такое было...

Посмотрите с какой статьей затрат списываются Ваши материалы (у меня называлось "Сырье и материалы"). И посмотрите в регистре сведений "Способы распределения статей затрат" ( для упр.учета) и в регистре сведений "Способы распределения статей затрат организаций" (для реглам. учета) нет ли там этих статей затрат.
У меня в базе кто-то добавил туда эту статью затрат со способом распределения по объему реализации. Поэтому все материалы распределялись сразу на всю продукцию.

Если у Вас там эта статья затрат есть, удалите ее. Материалы будут распределяться только по спецификации. То что не распределится нужно дораспределить документом "Распределение материалов на выпуск"