Инвентаризация товаров на складе, Комплексная автоматизация

Отладчиком пользуетесь
посмотрите в процедуре
ЗаполнитьПоОстаткамНаСкладе() в модуле документа.

какие параметры ВремОрганизация тут

Код:

Запрос = ПостроительОтчета.ПолучитьЗапрос();

    Запрос.УстановитьПараметр("Склад",           Склад);
    Запрос.УстановитьПараметр("ПартионныйСклад", ВремСклад);
    Запрос.УстановитьПараметр("ПартионнаяОрганизация", ВремОрганизация);
    Запрос.УстановитьПараметр("ДатаОстатков",    ОбщегоНазначения.ПолучитьДатуОстатков(ЭтотОбъект));

Там просто выше есть строчка

ВремОрганизация = УправлениеЗапасами.ПолучитьОрганизациюВСоответствииСоСпособомВеденияПартионногоУчетаПоОрганизациям(Организация, СпособВеденияПартионногоУчетаПоОрганизацииДляУУ);

вот ее код

Код:

Функция ПолучитьОрганизациюВСоответствииСоСпособомВеденияПартионногоУчетаПоОрганизациям(Организация, СпособВеденияПартионногоУчетаПоОрганизации) Экспорт
    Если СпособВеденияПартионногоУчетаПоОрганизации = Перечисления.СпособыВеденияПартионногоУчетаПоОрганизациям.ПоТекущейОрганизации Тогда
        Возврат Организация;
    ИначеЕсли СпособВеденияПартионногоУчетаПоОрганизации = Перечисления.СпособыВеденияПартионногоУчетаПоОрганизациям.ПоГоловнойОрганизации Тогда   
        Если НЕ Организация.Пустая() Тогда
            Возврат Организация.ГоловнаяОрганизация;
        Иначе
            Возврат Справочники.Организации.ПустаяСсылка();
        КонецЕсли;
    Иначе
        Возврат Справочники.Организации.ПустаяСсылка();
    КонецЕсли;
КонецФункции

и как Вы написали должно выполняться первое условие