8.х Комплектация номенклатуры в БП 3.0

В УПП 1.3 для комплектов был регистр сведений Комплектующие номенклатуры, в котором содержалась информация о комплекте (номенклатуре) и его комплектующих. В БП 3 такого регистра нет, но есть справочник спецификации номенклатуры у которого в шапке комплект и в таб части комплектующие. Правильно ли будет его использовать в бухгалтерии для создания комплектов или есть что-то другое ?

Не правильно. Бухгалтерия не предназначена для ведения учета в других отраслях, кроме бухгалтерского учета и немного кадрового. Если стоит задача сделать учет комплектующих номенклатуры именно в БУХ, то необходимо дорабатывать конфигурацию, если необходимо вести учет комплектации не важно в какой конфигурации, то воспользуйтесь конфигурацией УправлениеТорговлей.

А для чего тогда документы Комплектация номенклатуры в конфигурации, если она не предназначена ?

В данном случае это для превращения единицы одной номенклатуры в единицу другой номенклатуры, набор товаров можно превратить в 1 штуку и обратно.
Если вас устраивает ручной способ формирования товара из набора других товаров, то можете использовать типовой алгоритм конфигурации БУХ.