8.х Не выводить в отчет заявки, которые закрыты

Ну вы сами же ответили на вопрос, поставьте нужное условие. Каким образом различаются "открытые" и "закрытые" заявки ?

Ну правильнее конечно было бы брать из регистра РН по этим заякам у которых остаток не нулевой. Это они и есть.
Ну если через ТЧ то все просто в условии добавть подзапрос, который отсекает эти заявки.
Что то вроде этого

Код:

ВЫБРАТЬ
    ВнутреннийЗаказТовары.Номенклатура,
    ВнутреннийЗаказТовары.Количество
ИЗ
    Документ.ВнутреннийЗаказ.Товары КАК ВнутреннийЗаказТовары
ГДЕ
    НЕ ВнутреннийЗаказТовары.Ссылка В
                (ВЫБРАТЬ
                    ЗакрытиеВнутреннихЗаказовЗаказы.ВнутреннийЗаказ
                ИЗ
                    Документ.ЗакрытиеВнутреннихЗаказов.Заказы КАК ЗакрытиеВнутреннихЗаказовЗаказы)

Т.е выбираем из Внутреннего заказа из ТЧ номенклатуру и количество и в условии прописывамем что ссылка не в том что выдаст подзапрос, который из ТЧ заказы документа закрытие ВЗ выдает внутренние заказы.

Ну тут что бы ввам понятно было. понятно что не ставил проверки на проведенность и т.д.

Можно сразу к таб. части обращаться, в ней же содержится ссылка на док, вот ее к регистрам и подтягивать, ИМХО