8.х Один запрос всегда лучше трех?

да, будет быстрее. как минимум на время передачи результатов от базы к 1с. можете все сделать в одном пакете с временными таблицами, чтобы запросы сильно не переделывать.
по первому запросу - почему долго работает? не должен (хотя конечно от получаемых данных зависит)

Не всегда один запрос лучше трех, в некоторых случаях 3 запроса могут оказаться оптимальней, но все зависит от задачи, если выхожа уж действительно нет, пусть лучше будет 3 небольших запроса, чем один и в 10 раз медленнее работающий. С другой стороны временные таблицы ни кто не отменял.

Все таки это заблуждение, при необходимости могу воспроизвести задачу когда два запроса будут работать быстрее чем один, это например выборка в УТ цен на товары по периодическому регистру сведений, всех цен на момент ввода выбранных документов по дате документа.
С точки зрения реализации Вы не сможете "Здоровым" образом срезать регистр сведений из-за разумного ограничения таблиц 255 штук, а каждый срез виртуальной таблицы это новая таблица, в таком случае корректней написать пакет запросов, сформировать первый пакет, обработать на стороне клиента придав нужный вид, вернуть в пакет таблицу выбрав таблицу в еще один пакет и объединить оба пакета. Как не крути, но вопрос "Что лучше" далеко не всегда идёт в ногу с сформировавшимися "нормами", хотя в большинстве случаев это так.

Тык не передергивал, привел пример. Не дуться